Kuršių marios yra pagrindinis kelias migruojančioms žuvims į nerštavietes upėse. Mariomis keliauja lašišos, šlakiai, žiobriai, stintos. O iš marių į jūrą ir atgal migruoja starkiai, ešeriai ir karšiai. Saugant migruojančias žuvis mariose gausu žvejybos apribojimų.