Valstybinio saugumo departamento ir Vyriausybinės komisijos nuomonės išsiskyrė dėl nacionalinio saugumo rizikos klausimo. Valstybinio saugumo departamento direktorius teigė, kad rizikų nacionaliniam saugumui neįžvelgiama dėl „Belaruskalij“ trąšų tranzito per Lietuvą, o Vyriausybinė komisija teigia, kad išanalizavus „Belaruskalij“ ir „Lietuvos geležinkelių“ sutartis jos neatitinka nacionalinio saugumo interesų. Buvęs VSD direktorius Mačys Laurinkus sako, kad konflikto tarp dviejų institucijų neįžvelgia, o tikrų faktų šiuo metu dar trūksta. Politologų nuomone, svarbiausia, kad Vyriausybė atrastų būdus, kaip susitvarkyti su susiklosčiusia situacija.